Sejarah Perkembangan penyalahgunaan dan peredaran gelap Narkoba yang melanda dunia berimbas juga ke tanah air, perkembangannya begitu pesat sehingga sangat mengkhawatirkan. Narkoba juga sudah menyebar sampai ke pelosok pedesaan dan telah mengorbankan ribuan bahkan jutaan jiwa anak bangsa akibat terjerat narkoba. Berdasarkan data yang ada di BNN, tidak satu Kabupaten/Kota di Indonesia yang terbebas dari masalah narkoba termasuk wilayah kota Bontang.

Narkoba dan obat-obatan psikotropika sudah merambah ke segala lapisan masyarakat Indonesia.Yang menjadi sasaran bukan hanya tempat-tempat hiburan malam, tetapi sudah merambah ke daerah pemukiman, kampus, ke sekolah-sekolah, rumah kost, dan bahkan di lingkungan rumah tangga.

Dalam rangka mewujudkan Indonesia bebas dari penyalahgunaan narkoba, BNN menyebar sampai tingkat wilayah provinsi bahkan kabupaten/kota di Indonesia. Badan Narkotika Nasional Kota Bontang adalah instansi vertikal BNN yang melaksanakan tugas, fungsi, dan wewenang BNN dalam wilayah kabupaten / Kota.

BNN Kota Bontang merupakan instansi vertikal BNN yang bertugas di wilayah Kota Bontang. Dahulu BNN Kota Bontang, merupakan instansi pemerintah Kota Bontang dengan nama Badan Narkotika Kabupaten /Kota ( BNK ). Namun melalui kesepakatan bersama antara pihak BNN dengan Pemerintah Kota Bontang, maka BNK berubah menjadi lembaga vertikal tepatnya pada tanggal 20 April 2018 dengan nama Badan Narkotika Nasional Kota Bontang.

Dalam  rangka Pencegahan dan Pemberantas penyalahgunaan dan peredaran gelap Narkoba, yang sangat merugikan dan membahayakan kehidupan masyarakat, bangsa, dan negara, pemerintah telah mengeluarkan Undang-Undang (UU) Nomor 35 Tahun 2009 tentang Narkotika, yang di dalamnya antara lain mengatur kelembagaan Badan Narkotika Nasional (Badan Narkotika Nasional Kota Bontang ) dari lembaga non struktural menjadi Lembaga Pemerintah Non Kementerian (LPNK).